Los fermentos son bacterias ácido lácticas que fermentan la leche, dándole un aroma y una acidez específica. Los más comunes en la elaboración de quesos son lactococcus (streptococcus) cremoris y lactis, lactobacillus lactis, streptococcus termophilus y lactobacillus helveticus. A algunos quesos (Colonia, Gruyere, Emmental, Limburgo, Roquefort, Camembert, Brick) también se le agregan ciertos hongos y/o bacterias.
El cuajo es un complejo natural de enzimas (quimosina o renina) que producen la coagulación de la leche.